A ANEP é tutelada pelo Ministro que superintende a área do ensino-técnico profissional. Com vista a garantir a governação participativa da educação profissional a ANEP é superiormente dirigida por um Conselho de Administração, com funções não executivas, com a seguinte composição:

A gestão diária da ANEP é assegurada por um Conselho Directivo dirigido por um Director Geral, nomeado pelo Ministro de tutela através de um concurso público, e integra as seguintes direcções e serviços: